"영농조합, 법인세 요건 충족하면 등록확인서 안 내도 돼"

(서울=뉴스1) 박승주 기자 = 영농조합법인이 법인세 면제 요건을 충족했다면 관련 서류를 내지 않았다는 이유로 법인세 면제를 거부할 수 없다고 대법원이 판단했다.

대법원 2부(주심 민유숙 대법관)는 A영농조합법인이 세무당국을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소 소송 상고심에서 원고 패소로 판결한 원심을 깨고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다고 17일 밝혔다.

A법인은 2015~2016년 사업연도 각 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법 제66조 제1항에 근거해 식량작물재배업소득에 대한 법인세 면제를 신청했다.

해당 조항은 농어업경영체법에 따른 영농조합법인은 식량작물재배업소득에 대한 법인세를 면제한다고 규정한다.

그러나 세무당국은 A법인이 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다는 이유로 해당 법인세를 면제하지 않고 A법인에 법인세를 경정·고지했다.

이에 불복한 A법인은 행정소송을 냈다.

1심에 이어 2심도 세무당국의 손을 들어줬다. 법인세를 면제받기 위해서는 농업경영체 등록확인서를 반드시 제출해야 한다고 판단했다.

그러나 대법원은 판단을 뒤집고 사건을 하급심으로 돌려보냈다.

대법원은 "해당 조항은 구 조세특례제한법 위임에 따라 납세의무자가 면제 신청에 필요한 서류를 제출하도록 협력의무를 부과한 규정에 불과하다"고 설명했다.

이에 "A법인이 법인세 면제 요건을 충족한다면 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 해서 법인세 면제를 거부할 수는 없다"며 사건을 파기환송했다.

parksj@news1.kr