영농조합법인, 세법 미비로 납부한 법인세 170억 돌려받는다

(서울=뉴스1) 이기림 기자 = 농어업경영체등록확인서를 제출하지 않았다는 이유로 법인세를 냈던 2700여개 영농조합법인이 약 170억 원을 돌려받을 전망이다.

국민권익위원회는 영농조합법인의 식량작물재배업소득 법인세와 관련해 이같이 국세청에 의견표명했다고 21일 밝혔다.

영농조합법인 A는 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 신고하면서 식량작물재배업소득에 대해서 법인세 감면을 적용해 과세관청에 신고했다.

과세관청은 '조세특례제한법 시행령'에 따라 농어업경영체등록확인서를 제출해야만 법인세 감면대상에 해당한다고 보고 이를 제출하지 않은 A에 감면받은 세액을 추징했다.

당시 A는 불복 신청을 하지 않고 법인세를 자진납부했다. 그러나 A와 같은 내용으로 법인세를 부과받은 영농조합법인 B는 법원에 행정소송을 제기했다.

대법원은 지난해 3월 조세특례제한법 시행령상 농어업경영체등록확인서를 제출하도록 한 규정은 조세특례제한법의 위임을 벗어난 것으로, 확인서 제출이 법인세 감면을 위한 필수적인 요건은 아니라고 결정하며 B가 최종 승소했다.

국세청은 대법원 판결에 따라 감면을 적용하지 않고 추징한 법인세를 직권으로 취소하고 환급해 줬다. 그러나 '세법'상 부과제척기간이 경과한 경우에는 소송 당사자가 아니면 부과처분을 취소할 수 없다는 이유로 2017년 이전분에 대해서는 환급해 주지 못하고 있었다.

A는 권익위에 납부한 법인세를 환급해 달라며 고충민원을 신청했고, 권익위는 국세청 협조를 받아 전체 실태를 파악했다. 그 결과 법인세를 부과받은 영농조합법인이 전국적으로 총 2700여 곳, 법인세 총액은 약 170억 원에 달하는 것으로 나타났다.

권익위는 △구 '조세특례제한법' 제66조에서 영농조합법인을 법인세 면제요건으로 하고 있는 점 △A는 '농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률'에 따라 설립된 점 △대법원도 농어업경영체등록확인서 제출은 협력의무에 불과하고 법인세 감면 요건에 해당하지 않는다고 판시한 점 등을 종합적으로 고려했다.

권익위는 세법상 부과제척기간이 지났더라도 A에 법인세 감면을 적용해 환급하고, 나머지 2700여 영농조합법인, 약 170억 원에 대해서도 법인세 감면을 적용해 환급하는 것이 타당하다고 결정했다.

국세청은 부과제척기간이 경과한 영농조합법인에 대해서도 조속한 시일 내에 법인세 부과처분을 취소하기로 했다. 또 지난해 세법 개정으로 인해 올해 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터는 농어업경영체정보를 등록해야만 법인세를 감면받을 수 있다는 사실을 영농조합법인들에게 적극 안내할 예정이라고 밝혔다.

양종삼 권익위 고충처리국장은 "국가 식량안보의 한 축을 맡고 있는 전국 영농조합법인들이 '세법'상 미비로 인해 적용받지 못할뻔했던 감면 혜택을 받아 약 170억 원의 세금 부담을 덜 수 있게 됐다"며 "앞으로도 민원 처리에 납세자가 세법상 혜택을 충분하게 받을 수 있도록 최대한 노력하겠다"고 말했다.

lgirim@news1.kr