지방 기업 세제혜택 커진다…R&D 공제 1.5배·청년 소득세 10년 감면

(세종=뉴스1) 전민 기자 = 정부가 지방 기업 투자와 인력 유입을 늘리기 위해 지역별 세제 차등 지원에 나선다. 연구·개발(R&D) 비용 세액공제와 통합투자세액공제에 지역 계수를 도입해 비수도권 우대지역 기업은 수도권보다 최대 50% 많은 세제 혜택을 받을 수 있도록 한다.

중소기업 취업 청년의 근로소득세 감면 기간도 지역별로 차등화한다. 인구감소지역 등 우대지역은 감면 기간을 최대 10년까지 늘리고, 기업의 지방 이전에 따른 근로자 이주수당에도 비과세 혜택을 신설한다.

정부는 3일 세제발전심의위원회를 열고 이같은 내용의 '2026년 세제개편안'을 발표했다.

R&D비용 세액공제와 통합투자세액공제를 적용할 때 기본 공제율에 지역별 계수를 곱하는 방식이 새로 도입된다.

계수는 수도권이 1.0배로 기준이 되고 비수도권 광역시 등은 1.1배, 기타 비수도권은 1.3배, 인구감소지역 등 우대지역은 1.5배가 적용된다.

수도권 안에서도 접경지역 등 인구감소지역에 해당하면 비수도권 광역시 수준인 1.1배를, 비수도권 광역시 등 안에서도 인구감소지역이 있으면 1.3배를 적용받는 등 세부 지역구분은 정기 시행령 개정을 거쳐 내년 2월 반영될 예정이다.

조만희 재경부 세제실장은 브리핑에서 "공제율과 계수를 곱해서 세제지원을 하면 결국은 지방이 우대된다"며 "인구감소지역이나 낙후지역은 50% 정도를 더 해주겠다는 의미"라고 설명했다.

중소기업 취업자에 대한 근로소득세 감면도 지방을 우대하는 방향으로 개편된다. 현행 제도에서 청년의 경우 현재 수도권과 비수도권을 가리지 않고 5년간 소득세의 90%를 감면해주고 있다. 그러나 앞으로는 수도권은 5년, 비수도권 광역시 등은 6년, 기타 비수도권은 7년, 우대지역은 10년으로 감면 기간이 늘어난다.

60세 이상 고령자와 장애인 등은 현재 3년간 70%를 감면받는데, 수도권은 그대로 두되 비수도권 광역시 등은 75%, 기타 비수도권은 80%, 우대지역은 90%까지 감면율이 높아진다. 적용기한도 3년 연장된다.

기업이 수도권에서 비수도권으로 이전하거나 사업장을 신·증설할 때 근로자에게 지급하는 지방 이주수당에 대한 근로소득세 비과세 혜택도 신설된다. 3년간 월 최대 50만 원까지 비과세되며 우대지역이 아닌 경우 한도는 월 20만 원이다.

개인이 지방정부에 기부하는 고향사랑기부금 세액공제율도 지방을 우대한다. 기부금액 10만 원에서 20만 원 구간의 세액공제율은 현재 40%인데 기타 비수도권은 50%까지 오르고, 20만 원 초과 2000만 원 이하 구간은 현재 15%에서 우대지역 기부 시 25%까지 확대된다.

창업중소기업에 대한 세액감면 제도도 재설계된다. 현재 수도권과 비수도권 두 단계로 나뉜 지역 구분을 비수도권 광역시 등, 기타 비수도권, 우대지역 등 세 단계로 세분화하고 우대지역으로 갈수록 감면율을 높인다.

이와 함께 지방이전이나 특구입주에 따른 조세특례의 남용을 막기 위한 장치도 마련된다. 세제지원을 받은 기업이 감면기간 중 이전한 지역에 투자나 연구개발, 고용·상생출연금 등으로 환류한 금액이 감면세액의 30%에 미달하면 차액을 추징한다.

감면요건도 강화해 위장이전이나 고용감소 시 특례적용을 배제하는 사후관리 요건이 모든 특례에 확대 적용된다.

전남광주통합특별시 투자진흥지구와 문화산업진흥지구에서 창업하는 기업에 대해서는 소득세와 법인세를 5년간 100%, 이후 2년간 50% 감면하는 세액감면 제도가 새로 만들어진다.

수도권 사업용 부동산을 양도하고 기회발전특구 내 부동산을 대체취득할 경우 양도차익에 대한 소득세·법인세 과세이연을 적용하는 특례의 적용기한도 3년 연장된다.

min785@news1.kr