법원 "R&D부서 없는 업체에 용역 줘도 세금공제"

서울행정법원 제11부(부장판사 문준필)는 대신증권이 "R&D 전담부서가 없는 업체에 용역을 다시 위탁했다는 이유로 세액공제를 해주지 않는 것은 위법"이라며 서울 영등포세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송에서 원고 승소 판결을 내렸다고 20일 밝혔다.

이번 1심 판결은 "국내외 기업의 전담부서 등에 R&D 용역을 위탁·재위탁하면서 발생하는 비용은 전담부서 등이 직접 수행한 부분에 한해 세액공제가 가능하다"고 규정한 개정 조세특례제한법 시행령과 상반되는 것이어서 상급심이 어떤 판결을 내릴지 주목된다.

재판부는 "전담부서 보유 여부에 따라 세액공제를 결정한다면 위탁자가 재수탁업체의 전담부서 보유를 확인해야 하기 때문에 법령에 없는 의무를 부담하게 된다"며 "R&D 부서가 없는 수탁업체가 용역을 수행한 것과 (같은 조건의) 재수탁업체가 위탁 용역을 수행한 경우를 다르게 취급할 합리적인 이유도 없다"고 판시했다.

또 "개정 시행령이 적용되기 전인 2008~2009년에는 재위탁에 따른 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 조항이 없다"고 덧붙였다.

앞서 대신증권은 지난 2007~2009년 IT서비스업체에 데이터베이스 구축 등을 위한 '차세대 시스템 구축 개발' 연구 용역을 위탁하면서 용역비로 230억원을 지급했고 이 회사는 30억원에 달하는 용역을 R&D 전담부서가 없는 다른 업체에 재위탁해했다.

대신증권은 2008~2009 전체 용역비용인 230억원을 R&D 세액공제 대상으로 청구했지만 30억원을 R&D부서가 없는 업체에 재위탁했다는 이유로 세액공제 대상에서 제외되자 소송을 제기했다.

ys27@news1.kr